Usagi Yojimbon saaga sijoittuu 1600-luvun vaihteen Japaniin. Sisällissotien aika on hädin tuskin päättynyt ja Shogun on juuri tullut valtaan. Bushidoa eli Soturin kunniakoodia seuraavat samurait ovat hallitseva luokka koko maassa. On levottomuuksien hillinnän ja poliittisen juonittelun aika.